Kaarli kirik asub tänasel päeval Tõnismäe nime kandvas asumis. Arvatavasti asus siin muinasajal hiis ehk püha mets. Kaarli kiriku näol on tegemist 1870. aastal sisse pühitsetud kirikuga, mille ehitustööd vältasid pea 8 aastat. Kiriku ehitustööde venimise põhjuseks on toodud rahapuudus. Kiriku tänasel asukohal on sajandite jooksul asunud erinevaid teisigi pühakodasid. Esimene arvatav ehitis kabeli näol asus siin juba 13. sajandil ning esimest korda mainiti siinses asukohas kirikut 1458. aastal. Välistatud ei ole ka võimalus, et kabel ja kirik on kirjalike viidete puudumise tõttu omavahel segi läinud ning räägitakse täiesti erinevatest kuid kõrvuti asetsevatest hoonetest.